全自動拋光機操作的關鍵是尋求更高的拋光速率，以便盡快去除拋光過程中產生的損傷層。同時，磨料損傷層不應影響觀察到的組織。也是說，它不應該導致虛假組織。前者需要使用較粗的磨料來保證較高的拋光速度以去除磨料損傷層，但也會加深磨料損傷層。后者需要使用更精細的材料，使拋光損傷層更淺，但拋光速率較低。全自動拋光機解決這一矛盾的方法是將研磨分為兩個階段。以下是操作自動拋光機的一些技巧。
1、為了盡快去除拋光過程中產生的損傷層，請提高全自動拋光機的拋光速度。

2、防止打磨后的破損層影響觀察到的組織。也是說，它不會導致假組織。

3、解決這個矛盾的辦法是把自動磨床分成兩個層次。

4、粗拋的目的是去除打磨過的損傷層，達到較大的拋光速度。

5、粗拋造成的表面損傷是次要的考慮，但也應盡可能小。

6、精拋，其目的是去除粗拋造成的表面損傷，稍微減少拋光損傷。